Die Gesellschaft für Bayerische Musikgeschichte e.V. wurde 1957 gegründet und trat die Nachfolge der „Gesellschaft zur Herausgabe der Denkmäler der Tonkunst in Bayern“ (gegründet 1899) an, deren Vermögen und deren Rechte an den Denkmälern der Tonkunst in Bayern sie 1958 erwarb. Erster Vorsitzender der Gesellschaft war Prof. Dr. Oskar Kaul (1957-67), gefolgt von Prof. Dr. Bruno Stäblein (1967-1978). Nach dem Tod von Prof. Dr. Hermann Beck, der der Gesellschaft nur für zwei Jahre vorstehen konnte (1978-1980), übernahm Prof. Dr. Theodor Göllner, damals Ordinarius für Musikwissenschaft an der Ludwig-Maximilians-Universität, München, im Jahre 1981 die Leitung der Gesellschaft. Gemeinsam mit Dr. Robert Münster, der seit 1974 als 2. Vorsitzender fungierte, lenkte er für 20 Jahre die Geschicke der Gesellschaft. In seine Amtszeit fällt die Installation einer hauptamtlichen wissenschaftlichen Stelle für die Betreuung der Denkmäler der Tonkunst in Bayern, verbunden mit einem eigenem Büroraum, nachdem die Gesellschaft bis dato als Gast an der Bayerischen Akademie der Wissenschaften beheimatet war. Seit 2001 stehen Prof. Dr. Hartmut Schick (Ludwig-Maximilians-Universität München) sowie Dr. Bernhold Schmid (Bayerische Akademie der Wissenschaften) der Gesellschaft vor. Im Oktober 2022 wurde Prof. Dr. Katelijne Schiltz (Universität Regensburg) auf der Mitgliedertagung in Nördlingen zur Zweiten Vorsitzenden gewählt.